医学学习路径

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Medical Data Science Roadmap

R语言基础

R语言基础语法

数据结构与转换

数据读写

数据导出

医学数据操作

用R基本包

用dplyr包

数据框的合并

缺失值处理

基本统计分析

数值型描述分析

分类变量列联表

组间差异的比较

变量间的相关性

医学数据可视化

用R基础作图系统

ggplot2和其他图

综合案例1

综合案例2

常用分析模型

线性回归分析

Logistic回归分析

Poisson回归分析

生存分析和聚类分析

R基础

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Python基础

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变量类型

运算操作

条件、循环、函数

Numpy

创建数组对象

数组操作及运算

文件读写

综合实战

Pandas

数组结构

基本操作及数组处理

数据清洗核心操作

综合案例

数据可视化

Matplotlip绘图基础

实现SCI绘图

Pandas数据处理与绘图

Seaborn数据可视化

基本统计分析

数值型变量统计描述

数值型变量假设检验

分类变量统计分析

单因素生存分析

机器学习和深度学习

线性模型与广义线性模型

临床预测模型要素

临床预测模型实现流程

深度学习算法入门和模型举例

Python基础

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变量类型

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数组结构

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Matplotlip绘图基础

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Python基础

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综合实战

机器学习和深度学习

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深度学习算法入门和模型举例

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Python基础

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数据可视化

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数据清洗核心操作

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基本统计分析

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单因素生存分析

机器学习和深度学习

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深度学习算法入门和模型举例

R基础

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数据结构与转换

数据读写

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医学数据操作

用R基本包

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数据框的合并

缺失值处理

基本统计分析

数值型描述分析

分类变量列联表

组间差异的比较

变量间的相关性

医学数据可视化

用R基础作图系统

ggplot2和其他图

综合案例1

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常用分析模型

线性回归模型

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Poisson回归模型

生存分析和聚类分析

拓充练习

临床数据分析

因果分析入门：肾结石手术 VS 超声波治疗

先定义因果关系，用例说明混杂因子。再以肾结石手术为例，强调因果重要性，模拟数据。最后，实战分析，用IPTW估计治疗差异

因果分析入门：肾结石手术 VS 超声波治疗

先定义因果关系，用例说明混杂因子。再以肾结石手术为例，强调因果重要性，模拟数据。最后，实战分析，用IPTW估计治疗差异

亲手搭建一个糖尿病及并发症风险预测模型

使用XGBoost模型预测患者血糖值，并分析模型的效果与使用特点

亲手搭建一个糖尿病及并发症风险预测模型

使用XGBoost模型预测患者血糖值，并分析模型的效果与使用特点

心梗后阿司匹林治疗的Meta分析

借助心梗后服用阿司匹林能否降低死亡率这一经典案例，分享 meta 分析标准流程，探讨异质性，并提供令人信服的临床解释

心梗后阿司匹林治疗的Meta分析

借助心梗后服用阿司匹林能否降低死亡率这一经典案例，分享 meta 分析标准流程，探讨异质性，并提供令人信服的临床解释

观菌识人 根据肠道菌种类和数量预测年龄

采用来自中国的2000 多名调查者的肠道微生物的16S 数据，使用XGBOOST和PLSRegression，来构建预测宿主年龄及BMI的模型

观菌识人 根据肠道菌种类和数量预测年龄

采用来自中国的2000 多名调查者的肠道微生物的16S 数据，使用XGBOOST和PLSRegression，来构建预测宿主年龄及BMI的模型

使用 Logistic 回归预测心脏瓣膜手术风险

以心脏瓣膜手术数据为例，用R语言构建逻辑回归模型预测每个患者的死亡风险，通过区分度与校准度这两个指标来评估风险模型的性能

使用 Logistic 回归预测心脏瓣膜手术风险

以心脏瓣膜手术数据为例，用R语言构建逻辑回归模型预测每个患者的死亡风险，通过区分度与校准度这两个指标来评估风险模型的性能

中医证型关联规则项目实战

借助三阴乳腺癌患者的病理信息，挖掘患者的症状与中医证型之间的关联关系。 对截断治疗提供依据，挖掘潜性证素

中医证型关联规则项目实战

借助三阴乳腺癌患者的病理信息，挖掘患者的症状与中医证型之间的关联关系。 对截断治疗提供依据，挖掘潜性证素

乳房筛查、疼痛指数等聚类数据集的数据回归模型的构建

介绍聚类模型的定义、特征与应用，通过三个实例了解不同类型聚类数据的建模过程，以及模型的诊断、评估与解读

乳房筛查、疼痛指数等聚类数据集的数据回归模型的构建

介绍聚类模型的定义、特征与应用，通过三个实例了解不同类型聚类数据的建模过程，以及模型的诊断、评估与解读

职业与心理疾病关系的建模研究

本分析使用机器学习构建预测模型，探索职业类型与心理疾病之间的相关性，并比较K-Means、决策树、随机森林、SVM等几种预测模型的结果

职业与心理疾病关系的建模研究

本分析使用机器学习构建预测模型，探索职业类型与心理疾病之间的相关性，并比较K-Means、决策树、随机森林、SVM等几种预测模型的结果

基于一维卷积神经网络的抑郁指数预测

基于活动传感器数据搭建回归卷积神经网络，预测抑郁状态

基于一维卷积神经网络的抑郁指数预测

基于活动传感器数据搭建回归卷积神经网络，预测抑郁状态

医疗影像分析

基于CNN实现细胞识别分类

主要对感染和未感染的图像细胞进行识别分类

基于CNN实现细胞识别分类

主要对感染和未感染的图像细胞进行识别分类

基于U-net的膀胱肿瘤检测

本项目完成对膀胱壁边缘以及膀胱肿瘤检测，为医生决策起到一定作用

基于U-net的膀胱肿瘤检测

本项目完成对膀胱壁边缘以及膀胱肿瘤检测，为医生决策起到一定作用

如何利用生成对抗网络（GAN）生成医学图像

运用Gan生成医学图像，数据增强，扩充数据集，优化模型表现

如何利用生成对抗网络（GAN）生成医学图像

运用Gan生成医学图像，数据增强，扩充数据集，优化模型表现

使用开源工具改善糖尿病性视网膜病变图像的质量

本项目的目标是提高图像质量，以期给预测做个铺垫，使用免费和开源工具改善糖尿病性视网膜病变的图像

使用开源工具改善糖尿病性视网膜病变图像的质量

本项目的目标是提高图像质量，以期给预测做个铺垫，使用免费和开源工具改善糖尿病性视网膜病变的图像

生物信息学

Biopython中文文档

Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及类，从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易

Biopython中文文档

Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及类，从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易

肺癌尿液代谢组学分析与统计建模

一个肺癌案例，串起假设检验、回归分析与常见机器学习模型

肺癌尿液代谢组学分析与统计建模

一个肺癌案例，串起假设检验、回归分析与常见机器学习模型

关于DNA序列分类问题的分析

DNA序列上存在着数以亿计的序列位点,当生物信息发生基因突变时,则其DNA序列上的某些位点会产生突变,因此找到这些位点对区分耐药组和敏感组有很大帮助

关于DNA序列分类问题的分析

DNA序列上存在着数以亿计的序列位点,当生物信息发生基因突变时,则其DNA序列上的某些位点会产生突变,因此找到这些位点对区分耐药组和敏感组有很大帮助

电子健康记录分析

基于ModelWhale平台讲解EHR数据分析基本流程及方法

探索性数据分析常用的临床模型

基于ModelWhale平台讲解EHR数据分析基本流程及方法

探索性数据分析常用的临床模型

电子病历二次分析过程中数据预处理常见的各种方法

介绍电子病历二次分析过程中数据预处理常见的各种方法，并结合Python实际代码进行讲解

电子病历二次分析过程中数据预处理常见的各种方法

介绍电子病历二次分析过程中数据预处理常见的各种方法，并结合Python实际代码进行讲解

临床NLP——从病例记录预测患者是否再次入院

利用BERT，结合病例的记录来看病人康复情况。是AI+电子病历的良好使用场景

临床NLP——从病例记录预测患者是否再次入院

利用BERT，结合病例的记录来看病人康复情况。是AI+电子病历的良好使用场景

流行病学和公共卫生数据科学

2022上海疫情数据预处理与时空分析

项目包含数据清洗与预处理、地理编码、各区疫情和疫情小区可视化、人口密度分布、数据挖掘与预测模型

2022上海疫情数据预处理与时空分析

项目包含数据清洗与预处理、地理编码、各区疫情和疫情小区可视化、人口密度分布、数据挖掘与预测模型

SIR传播模型的科普和预测

对于几个疾病模型做的一些概念性描述（科普），并进行了简单的编程实现

SIR传播模型的科普和预测

对于几个疾病模型做的一些概念性描述（科普），并进行了简单的编程实现

药物发现和基因组学

作用机制（MoA）预测

Kaggle竞赛作用机制(MoA)预测 你能改进基于生物活性的药物分类算法吗

作用机制（MoA）预测

Kaggle竞赛作用机制(MoA)预测 你能改进基于生物活性的药物分类算法吗

降维方法和RDKit做药物分子的化学空间分析

这是使用RDKit和降维方法PCA和t-SNE（sklearn）进行化学空间分析和可视化的快速教程

降维方法和RDKit做药物分子的化学空间分析

这是使用RDKit和降维方法PCA和t-SNE（sklearn）进行化学空间分析和可视化的快速教程

“默克”杯逆合成反应预测大赛

基于给定的化学反应数据建立模型，从而可对任给定的反应试剂和反应产物数据，模型输出该化学反应的反应物

“默克”杯逆合成反应预测大赛

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临床数据分析

因果分析入门：肾结石手术 VS 超声波治疗

先定义因果关系，用例说明混杂因子。再以肾结石手术为例，强调因果重要性，模拟数据。最后，实战分析，用IPTW估计治疗差异

亲手搭建一个糖尿病及并发症风险预测模型

使用XGBoost模型预测患者血糖值，并分析模型的效果与使用特点

心梗后阿司匹林治疗的Meta分析

借助心梗后服用阿司匹林能否降低死亡率这一经典案例，分享 meta 分析标准流程，探讨异质性，并提供令人信服的临床解释

观菌识人 根据肠道菌种类和数量预测年龄

采用来自中国的2000 多名调查者的肠道微生物的16S 数据，使用XGBOOST和PLSRegression，来构建预测宿主年龄及BMI的模型

使用 Logistic 回归预测心脏瓣膜手术风险

以心脏瓣膜手术数据为例，用R语言构建逻辑回归模型预测每个患者的死亡风险，通过区分度与校准度这两个指标来评估风险模型的性能

中医证型关联规则项目实战

借助三阴乳腺癌患者的病理信息，挖掘患者的症状与中医证型之间的关联关系。 对截断治疗提供依据，挖掘潜性证素

乳房筛查、疼痛指数等聚类数据集的数据回归模型的构建

介绍聚类模型的定义、特征与应用，通过三个实例了解不同类型聚类数据的建模过程，以及模型的诊断、评估与解读

职业与心理疾病关系的建模研究

本分析使用机器学习构建预测模型，探索职业类型与心理疾病之间的相关性，并比较K-Means、决策树、随机森林、SVM等几种预测模型的结果

基于一维卷积神经网络的抑郁指数预测

基于活动传感器数据搭建回归卷积神经网络，预测抑郁状态

医疗影像分析

基于CNN实现细胞识别分类

主要对感染和未感染的图像细胞进行识别分类

基于U-net的膀胱肿瘤检测

本项目完成对膀胱壁边缘以及膀胱肿瘤检测，为医生决策起到一定作用

如何利用生成对抗网络（GAN）生成医学图像

运用Gan生成医学图像，数据增强，扩充数据集，优化模型表现

使用开源工具改善糖尿病性视网膜病变图像的质量

本项目的目标是提高图像质量，以期给预测做个铺垫，使用免费和开源工具改善糖尿病性视网膜病变的图像

生物信息学

Biopython中文文档

Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及类，从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易

肺癌尿液代谢组学分析与统计建模

一个肺癌案例，串起假设检验、回归分析与常见机器学习模型

关于DNA序列分类问题的分析

DNA序列上存在着数以亿计的序列位点,当生物信息发生基因突变时,则其DNA序列上的某些位点会产生突变,因此找到这些位点对区分耐药组和敏感组有很大帮助

电子健康记录分析

基于ModelWhale平台讲解EHR数据分析基本流程及方法

探索性数据分析常用的临床模型

电子病历二次分析过程中数据预处理常见的各种方法

介绍电子病历二次分析过程中数据预处理常见的各种方法，并结合Python实际代码进行讲解

临床NLP——从病例记录预测患者是否再次入院

利用BERT，结合病例的记录来看病人康复情况。是AI+电子病历的良好使用场景

流行病学和公共卫生数据科学

2022上海疫情数据预处理与时空分析

项目包含数据清洗与预处理、地理编码、各区疫情和疫情小区可视化、人口密度分布、数据挖掘与预测模型

SIR传播模型的科普和预测

对于几个疾病模型做的一些概念性描述（科普），并进行了简单的编程实现

药物发现和基因组学

作用机制（MoA）预测

Kaggle竞赛作用机制(MoA)预测 你能改进基于生物活性的药物分类算法吗

降维方法和RDKit做药物分子的化学空间分析

这是使用RDKit和降维方法PCA和t-SNE（sklearn）进行化学空间分析和可视化的快速教程

“默克”杯逆合成反应预测大赛

基于给定的化学反应数据建立模型，从而可对任给定的反应试剂和反应产物数据，模型输出该化学反应的反应物